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Morada Nova de Minas está inserida na bacia hidrográfica do Rio São Francisco, que abrange uma área de 645.067 km², equivalente a 8% do território nacional. O município é cercado por cursos d’água: além do Rio São Francisco, há o Rio Indaiá, Rio Borrachudo, Ribeirão Extrema e o Sucuriu, e o reservatório da usina de Três Marias, que se encontra à margem esquerda do Rio São Francisco.
O Rio Indaiá nasce próximo à localidade de Cachoeirinha, no município de Córrego D’Anta, e percorre 226 km até desaguar no reservatório de Três Marias. O Rio Borrachudo nasce na localidade de Alto do Borrachudo, município de São Gotardo, e desagua em Três Marias após um percurso de 229 km.
